Obecny zegar jest czwartą konstrukcją w dziejach Collegium Maius. Pierwszy mechanizm zegarowy powstał zapewne przed rokiem 1465, bowiem z tego roku pochodzi wiadomość o naprawie zegara „znacznych rozmiarów". Został zniszczony w roku 1492 przez pożar, a odbudowany dzięki staraniom władz Akademii i królowej Elżbiety Rakuszanki, zegar wskazywał czas przez kolejnych kilkadziesiąt lat.

Trzecią fundację zegara stanowiła w roku 1522 dotacja profesora i dobrodzieja Akademii Krakowskiej Macieja z Miechowa. Powstał wówczas zegar niezwykły, w którym symbole słońca i księżyca poruszały się wraz z mechanizmem. Nieznane są okoliczności, w których zegar przestał działać.

Zegar współczesny uruchomiono 30 września 2000 roku. System komputerowy uruchamia pochód postaci historycznych i towarzyszący mu motyw muzyczny, który jest fragmentem „muzyki" dworskiej z tabulatury Jana z Lublina, datowany na połowę XVI wieku i instrumentalną wersję pieśni akademickiej Gaudeamus Igitur. W orszaku poruszają się figury osób związanych z dziejami Akademii Krakowskiej: pedel, królowa Jadwiga, król Władysław Jagiełło, św. Jan z Kęt, Hugon Kołłataj i rektor Stanisław ze Skalbmierza.