Pod koniec XVIII w. z inicjatywy Komisji Edukacji Narodowej rozpoczęła się reforma Uniwersytetu. Do jej przeprowadzenia powołany został Hugo Kołłątaj. Zgromadzone tu zabytki sztuki i nauki przypominają ten ważny okres w dziejach krakowskiej uczelni. Na ścianach wiszą portrety autorów reformy. Sceny na plafonach malowanych przez Zdzisława Pabisiaka również ukazują postacie i zdarzenia związane z reformą Uniwersytetu.

XVIII-wieczne instrumenty astronomiczne i fizyczne, kupione w najlepszych wówczas europejskich wytwórniach, wskazują na rozmach reorganizacji uniwersytetu. Do najcenniejszych należą m.in. achromatyczna luneta Petera Dollonda (Londyn, ok.1770 r.), kwadrant astronomiczny Jacques’a Caniveta (Paryż, 1760 r.), ekwatoriał George’a Adamsa jr. (Anglia, kon. XVIII w.).

Instrumentom towarzyszą meble i obrazy z tej samej epoki.