Na stałą część ekspozycji składają się zabytkowe wnętrza, takie jak Libraria (biblioteka), Stuba Communis (dawna jadalnia), skarbiec, pokoje profesorskie, Aula (zawierająca cenny zbiór malarstwa). W Muzeum dostępna jest także wystawa interaktywna pt. Nauki dawne i niedawne.