W obu skarbcach Collegium Maius przechowywane są najcenniejsze pamiątki związane z przeszłością uczelni.
Tradycja gromadzenia zbiorów uniwersyteckich liczy sobie ponad sześć wieków i trwa do dziś. Dzięki hojnym darczyńcom, profesorom i wychowankom Uniwersytetu podziwiać możemy wybitne dzieła sztuki, wytwory rzemiosła artystycznego, instrumenty naukowe oraz pamiątki po znanych osobistościach.
Najcenniejsze precjoza znajdują się w sejfie Pierwszego Skarbca. Do insygniów władzy rektorskiej należą: tzw. berło królowej Jadwigi (po 1403 r.), berło kardynała Zbigniewa Oleśnickiego (ok. 1454 r.), berło kardynała Fryderyka Jagiellończyka (koniec XV w.), złoty łańcuch (VI w.) oraz dwa pierścienie (XVII w. i 1900 r.). Miejsce szczególne zajmuje mechaniczna sfera armilarna, tzw. Złoty Globus Jagielloński. Pochodzący z 1 poł. XVI w. obiekt jest darem profesora Jana Brożka. Na globusie wewnątrz sfery armilarnej widnieje jedno z pierwszych przedstawień Ameryki Północnej w historii kartografii globusowej.
W gablocie na ścianie można zobaczyć kopie dokumentów fundacyjnych Uniwersytetu Krakowskiego: Kazimierza III Wielkiego (z 12 maja 1364 r.) i Władysława Jagiełły (z 26 lipca 1400 r.) zrekonstruowane na podstawie fotografii oryginałów zniszczonych w czasie II wojny światowej.
W drugiej części Skarbca prezentowane są rozmaite przedmioty (XV-XX ww.): naczynia stołowe, ceramika, sprzęty liturgiczne, judaika, a od 2018 r. – jest prezentowana wystawa poświęcona 100-leciu odzyskania przez Polskę niepodległości. Można tu również zobaczyć najnowsze nabytki muzealne: nagrody filmowe przekazane przez Andrzeja Wajdę, złoty medal olimpijski Roberta Korzeniowskiego (2004 r.) oraz medal Nagrody Nobla (1996 r.) podarowany uniwersytetowi przez Wisławę Szymborską.