Profesorowie mieszkali w Collegium Maius do końca XVIII wieku. Nazywano ich kolegiatami większymi. Mieściło się tutaj 20 mieszkań, zwanych rezydencjami. Przez długi czas pokoje w rezydencjach nie były ze sobą połączone, dlatego do dzisiaj istnieją dawne wejścia prowadzące z krużganków.

Nazwa „Pokój Antoniego Żołędziowskiego” pochodzi od nazwiska teologa i hagiografa uniwersyteckiego, rektora uczelni w czasach reformy Hugona Kołłątaja. Jest to część dawnej rezydencji profesorskiej. W pomieszczeniu znajdują się XVIII-wieczne meble ludowe pochodzące z Małopolski, Dolnego Śląska i Niemiec oraz piec rokokowy. Ściany zdobią cenne obrazy: Chrystus z krzyżem (mal. Marco Palmezzano, 1536 r.) oraz Portret kobiety (mal. Jacob Willemsz Delff II, 1640 r.).

Kolejna rezydencja profesorska nazywana jest „Pokojem Ambrożego Grabowskiego”. Poświęcona została wybitnemu historykowi, księgarzowi i kolekcjonerowi, autorowi poczytnych przewodników po Krakowie. Pokój ma XIX-wieczny wystrój, są w nim prezentowane ciekawe meble po Grabowskim: fajczarnia, czyli stolik do palenia cygar i fajek oraz nieco za krótkie łóżko (w XIX w. panowało przekonanie, że spanie w pozycji horyzontalnej może szkodzić zdrowiu).

Znajduje się tutaj największy w zbiorach zegar – szafkowy, wyposażony w mechanizm grający, który po uruchomieniu wygrywa melodie z oper Mozarta.