Kaplica św. Jana Kantego mieści się na parterze Collegium Maius. To pomieszczenie, w którym mieszkał Jan z Kęt (1390-1473), profesor teologii, który słynął z pracowitości, skromności i pobożności. Już za życia cieszył się opinią świętego. Został beatyfikowany w 1680 r. i kanonizowany w 1767 r.

Obecnie w kaplicy znajduje się statua świętego pod baldachimem noszona podczas wielkiej procesji w Krakowie w 1775 r. z Wawelu do kościoła św. Anny. W ścianie wmurowany jest oryginał tablicy fundacyjnej Bursy Jerozolimskiej z 1453 roku, na której uwieczniono m. in. postać kardynała Zbigniewa Oleśnickiego z modelem bursy w ręku. W głębi pomnik nagrobny przedstawiający profesora Uniwersytetu (ok. 1540 r.) przeniesiony z kolegiaty św. Anny.